Một bài trên tạp chí Life năm 1945 ước tính rằng trước các vụ ném bom Hiroshima và Nagasaki "chắc hẳn chỉ có hơn vài tá người trên toàn đất nước hiểu đầy đủ ý nghĩa của Dự án Manhattan, và thậm chí có lẽ chỉ khoảng hơn 1 nghìn người khác biết rằng công trình họ làm liên quan tới nguyên tử." Tạp chí viết rằng hơn 100 nghìn người khác tham gia vào dự án "làm việc như chuột trũi trong bóng tối". Bị đe dọa phạt 10 năm tù hoặc 10 nghìn đô la (142.000 đô la năm 2020[63]), họ chứng kiến những lượng nguyên liệu thô khổng lồ đi vào các nhà máy mà không thấy thứ gì đi ra, và điều khiển "những nút số và cần gạt trong khi đằng sau những bức tường bê tông dày những phản ứng bí ẩn xảy ra" mà không biết mục đích của công việc là gì.[225][226][227][228]

Tất cả mọi người, kể cả các sĩ quan cấp cao, và ô tô của họ được giám sát khi đi vào và đi ra các cơ sở dự án. Một công nhân Oak Ridge khẳng định rằng "nếu bạn tỏ ra tò mò, trong vòng hai tiếng đồng hồ bạn sẽ bị các đặc vụ chính phủ triệu tập để nói chuyện. Thông thường những người bị triệu tập tới giải thích sau đó bị dẫn giải cùng hành lý ra phía cổng và nhận lệnh rời khỏi khu vực." Tuy nhiên, mặc dù được tuyên truyền rằng công việc của họ có thể giúp kết thúc chiến tranh và có lẽ mọi cuộc chiến tranh trong tương lai,[229] việc không nhìn thấy hay không hiểu kết quả những nhiệm vụ thường là tẻ nhạt của họ-hoặc ngay cả những hiệu ứng phụ của công việc như khói từ các ống khói-và việc chiến tranh ở châu Âu kết thúc mà công việc của họ không đóng vai trò gì, gây nên những vấn đề tinh thần nghiêm trọng ở các công nhân và khiến cho nhiều tin đồn lan ra. Một quản đốc khẳng định sau cuộc chiến:[228]

Thực ra không phải là công việc nặng nhọc ... mà là nó rất khó hiểu. Anh thấy đấy, không ai biết cái gì đang được sản xuất ở Oak Ridge, ngay cả tôi, và rất nhiều người nghĩ rằng họ đang lãng phí thời gian ở đây. Tôi có trách nhiệm phải giải thích cho những công nhân không bằng lòng rằng họ đang làm một việc hết sức quan trọng. Nhưng khi họ hỏi đó là gì, tôi buộc phải nói đó là bí mật. Nhưng thực ra chính tôi cũng phát điên lên vì cố đoán xem cái gì đang diễn ra.[228]

Một công nhân khác kể về khi làm việc trong một tiệm giặt, hằng ngày cô phải giữ "một thiết bị đặc biệt" để đồng bộ và lắng nghe một tiếng click. Chỉ sau chiến tranh cô mới biết rằng khi đó cô đang làm một việc quan trọng là kiểm tra phóng xạ với một máy đếm Geiger. Để nâng cao tinh thần cho công nhân, ban quản lý Oak Ridge tạo ra một hệ thống các giải thể thao nội bộ tốn kém, bao gồm 10 đội bóng chày, 81 đội bóng mềm, và bóng bầu dục.[228]

Kiểm duyệt thông tin

Việc kiểm duyệt tự nguyện về thông tin nguyên tử bắt đầu trước cả Dự án Manhattan. Sau khi chiến tranh châu Âu bùng nổ năm 1939 các nhà khoa học bắt đầu tránh công bố các nghiên cứu liên quan tới quân sự, và năm 1940 các tạp chí khoa học bắt đầu yêu cầu Viện hàn lâm Khoa học quốc gia Hoa Kỳ xóa các bài báo. William L. Laurence của tờ The New York Times, người viết một bài cho The Saturday Evening Post tháng 9 năm 1940 về phân hạch nguyên tử, về sau mới biết rằng các viên chức chính phủ yêu cầu các thư viện trên toàn quốc rút bỏ số báo đó.[230] Tuy nhiên chính hành động giữ im lặng khiến cho người Liên Xô cảm thấy có gì đó đang ngấm ngầm diễn ra, và tháng 4 năm 1942 nhà khoa học hạt nhân Georgy Flyorov viết thư cho Stalin tường trình sự vắng bóng những bài báo về phân hạch hạt nhân trên các tạp chí Mỹ; điều này dẫn tới việc Liên Xô khởi động dự án bom nguyên tử của riêng mình.[231]

Dự án Manhattan tiến hành dưới hệ thống an ninh nghiêm ngặt để tránh những phát hiện của nó khuyến khích các cường quốc phe Trục, đặc biệt là Đức, tăng tốc các dự án của chính họ hoặc tiến hành các chiến dịch phá hoại ngầm.[232] Văn phòng Kiểm duyệt của chính phủ, ngược lại, trông đợi báo chí tuân thủ một điều luật quản lý tự nguyện do văn phòng ban hành, và vì thế ban đầu dự án tránh thông báo với văn phòng. Đến đầu năm 1943 các tờ báo bắt đầu tường thuật về việc xây dựng đại quy mô tại Tennessee và Washington dựa trên các ghi chép công khai, và văn phòng bắt đầu thảo luận với dự án về cách duy trì bí mật. Tháng 6 Văn phòng Kiểm duyệt yêu cầu các từ báo và hãng truyền thông tránh thảo luận về "va chạm nguyên tử, năng lượng nguyên tử, phân hạch nguyên tử, phân tách nguyên tử, hoặc bất cứ thuật ngữ tương đương nào; cùng với việc sử dụng radium hoặc các vật liệu phóng xạ, nước nặng, thiết bị phát điện cao thế, cyclotron cho mục đích quân sự." Văn phòng cũng yêu cầu tránh thảo luận về "poloni, urani, ytterbi, hafni, protactini, radi, rheni, thori, deuteri"; thực ra chỉ urani là nhạy cảm, nhưng nó được liệt kê cùng với các nguyên tố khác để giấu đi tầm quan trọng.[233]

Điệp viên Liên Xô

Nguy cơ phá hoại là luôn hiện hữu, và đôi khi bị nghi ngờ là nguyên nhân của một số hư hỏng thiết bị. Trong khi có một số vấn đề được cho là kết quả của những nhân viên thiếu cẩn thận hoặc cáu kỉnh, không có trường hợp nào được xác định chính xác là phá hoại của phe Trục.[234] Tuy nhiên, ngày 10 tháng 3 năm 1945, một khí cầu lửa của Nhật tấn công một đường dây điện, gây nên chập điện diện rộng buộc ba lò phản ứng ở Handford phải tạm thời tắt.[235] Vì có quá nhiều người tham gia, việc bảo đảm an ninh là một nhiệm vụ cực kỳ khó khăn. Một phân đội thuộc Cục Phản gián được thành lập để đảm trách các vấn đề an ninh của dự án.[236]

Năm 1942, một nhà khoa học Liên Xô tên là Georgy Flyorov đã cảnh báo Iosif Vissarionovich Stalin rằng trong vòng 2 năm, Hoa Kỳ đã không hề đả động một từ nào về phân hạch hạt nhân. Lý do duy nhất, theo giải thích của ông, là Hoa Kỳ đang chế tạo bom hạt nhân. Nhà khoa học Flyorov cảnh báo "sẽ không có thời gian để quyết định ai có tội khi chúng ta bỏ bê công việc này ở Liên Xô". Vì vậy, kế hoạch do thám của Liên Xô bắt đầu.[237]

Tới năm 1943, người ta nhận thấy Liên Xô đang tìm cách thâm nhập dự án. Trung tá Boris T. Pash, chỉ huy Phân nhánh Phản gián của Bộ Tư lệnh Phòng thủ Miền Tây, điều tra một vụ nghi ngờ gián điệp Xô-viết ở Phòng thí nghiệm Phóng xạ ở Berkeley. Oppenheimer thông báo cho Pash rằng một giáo sư ở Berkeley, Haakon Chevalier, đã tiếp cận ông về việc trao đổi thông tin với Liên Xô.[238]

Gián điệp Xô-viết thành công nhất là Klaus Fuchs, một thành viên của Phái đoàn Anh đóng một vai trò quan trọng ở Los Alamos, ông đã truyền đạt lại tất cả những gì biết được ở phòng thí nghiệm này cho KGB.[239] Sự khám phá ra hành vi gián điệp của Fuchs đã phá hủy sự hợp tác hạt nhân của Hoa Kỳ với Anh và Canada.[240] Về sau, những trường hợp gián điệp khác bị phát hiện, dẫn tới sự bắt giam và kết án Harry Gold, David Greenglass và vợ chồng Rosenberg.[241] Những điệp viên khác như George Koval và Theodore Hall chỉ bị khám phá sau hàng thập kỉ.[242] Giá trị của các thông tin các điệp viên nguyên tử nắm được khó mà định lượng, vì giới hạn chính cho dự án nguyên tử của Liên Xô thực ra là thiếu thốn quặng urani hơn là kĩ thuật. Nhìn chung có sự đồng tình trong giới học giả rằng tình báo đã tiết kiệm cho Liên Xô một hoặc hai năm xây dựng bom nguyên tử.[243]